食管鳞癌长链非编码RNA谱的筛选和共表达关联分析

摘要：

目的 构建食管鳞癌lncRNA差异表达谱,并进行共表达关联分析.方法 选取2015年6-9月在安阳市肿瘤医院胸外科行食管癌根治术的6例食管鳞癌患者为研究对象,取食管鳞癌组织及匹配的癌旁正常组织,采用微阵列分析食管鳞癌lncRNA和mRNA差异表达谱,进行共表达关联分析、靶基因预测、转录因子预测,以及基因本体论(GO)、通路(Pathway)和疾病(Disease)富集分析.结果 共筛选出差异表达lncRNA 2 052个,其中670个上调,1 382个下调;差异表达mRNA 3 240个,1 732个上调,1 508个下调(差异倍数为2倍以上变化且P＜0.05).共表达关联分析显示lncRNA与mRNA可形成复杂的调控网络.靶基因预测结果显示,共有792个差异表达lncRNA通过顺式和反式2种方式调控靶基因,410个lncRNA有cis-调控的靶基因,370个lncRNA有rans-调控的靶基因,12个lncRNA同时有cis-和trans-调控的靶基因.GO分析结果显示,lncRNA可能调控的靶基因主要参与细胞过程、单组织过程和代谢过程等生物过程,黏合、催化活性和分子功能调节剂等分子功能,细胞器、细胞和细胞组分等细胞成分;Pathway分析显示,靶基因主要参与叶酸单碳池、补体和凝血级联和o-糖生物合成等通路.Disease分析显示,靶基因可能参与少淋巴细胞综合征(BLS)1型、进行性肌阵挛性癫痫、口腔和牙齿疾病以及局部常染色体隐性低肥厚症等.转录因子预测结果显示,lncRNA基因可能存在多种转录调控方式.结论 ESCC组织的lncRNA表达谱相较于癌旁正常组织存在明显差异,lncRNA可能参与食管癌的发生发展,从而为食管癌的诊断和治疗提供新的依据.

关键词：食管鳞状细胞癌、长链非编码RNA、信使RNA、靶基因预测、转录因子预测

所属期刊栏目：28

分类号：R735.1(肿瘤学)

资助基金：安阳市科技攻关项目;天津市自然科学基金项目

在线出版日期：2020-04-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：145-148,封3