热带臭虫转录组分析

摘要：

目的 获得热带臭虫转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础.方法 基于Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台,对热带臭虫混合样本进行测序,采用Trinity软件组装有效测序数据获得unigenes.将unigenes分别与非冗余蛋白数据库(NR)、基因本体论(G0)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG)和注释蛋白数据库(Swiss-Prot)进行比对和功能注释,利用MISA软件对热带臭虫的unigenes进行简单重复序列位点分析,使用Samtools和GATK软件检测热带臭虫单核苷酸多态性(SNP).结果 转录组测序数据质控后获得5.49 Gb高质量数据,组装后获得21619个unigenes,总长度为29322540 bp,平均长度为1356 bp.将unigenes序列与5个公共数据库进行比对和功能注释,得到45362个有功能注释的unigenes,预测发现10906条编码区序列,检测到7754个简单重复序列(SSR)位点信息和33144个SNP位点信息.结论 报道并构建了热带臭虫转录组数据库,并对21619个unigenes进行组装和功能注释分析,该数据的获得可为后期热带臭虫的功能基因研究、SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等奠定基础.

关键词：热带臭虫;转录组;生物信息学;微卫星;单核苷酸多态性

所属期刊栏目：33

分类号：R384.9(医学寄生虫学)

资助基金：江西省双千人才计划;江西省国家外国专家项目;江西省国家外国专家项目

在线出版日期：2022-03-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：54-61