成簇的规律间隔短回文重复序列技术在鼠疫菌基因分型中的应用

摘要：

目的 针对分离自内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌),进行DNA成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)分型,对比同一类型疫源地,不同地区分离的菌株基因型,建立沙鼠鼠疫疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库,为疫情的追溯和流行病学分析奠定基础.方法 应用3对CRISPR引物(YPa、YPb、YPc)将实验菌株DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并测序,然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary比对,找出CRISPR spacer阵列,确定基因型别,最后用Bionumerics 7.6软件制作聚类图,分析其进化关系.结果 33株鼠疫菌共发现9种spacer,包括4种YPa(a1、a2、a3、a56)、2种YPb(b1、b2)和3种YPc(c1、c2、c3),经比对所有菌株被归为1个CRISPR基因簇(Cb2),2个基因型,内蒙古自治区(内蒙古)鄂托克旗和杭锦后旗菌株为1个新基因型,命名为2'型(a1-a2-a3-a56,b1-b2,c1-c2-c3),内蒙古乌拉特前旗、河北省康保县和宁夏回族自治区银川市的菌株均为基因1型(a1-a2-a3,b1-b2,c1-c2-c3).结论 鼠疫菌在内蒙古长爪沙鼠鼠疫疫源地整体上遗传稳定,归于1个基因簇,但是也存在一些微进化,体现在不同地区的菌株有不同的基因型.

关键词：鼠疫耶尔森菌、成簇的规律间隔短回文重复序列、基因分型

所属期刊栏目：32

分类号：Q78;R378.6+1(基因工程（遗传工程）)

资助基金：河北省2017年度医学科学研究重点课题计划;河北省2020年度医学科学研究课题计划;国家科技重大专项

在线出版日期：2021-03-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：30-33