浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析

摘要：

目的 对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析.方法 无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶向基因片段并测序,采用生物信息学软件(Contig Express、SeqMan、Clustalx V2.0、BioEdit V7.0、GENEDOC和MEGA X)分析全基因序列.结果 患者血清为CHIKV核酸阳性.测序数据拼接处理后获得CHIKV全基因组序列(QZ0823株),包含11 787 bp核苷酸,非结构蛋白主要结构位点未发现变异,结构蛋白缺乏E1中的适应性突变A226V和E2中可能影响CHIKV神经毒力的新取代K252Q突变,不存在增强埃及伊蚊的适应性突变E1:K211E和E2:V264A.全基因组序列进化分析显示,QZ0823与孟加拉国、印度、巴基斯坦流行株彼此紧密聚集,具有密切的进化相关性.结论 衢州市输入性基孔肯雅病毒QZ0823全基因组和结构基因C-E3-E2-6K-E1核苷酸序列均符合CHIKV特征,与孟加拉国流行株同属东中南非洲遗传谱系(ECSA).

关键词：基孔肯雅病毒、全基因组、序列测定、进化分析

所属期刊栏目：30

分类号：R373.9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：2019年浙江省医药卫生科技面上项目计划2019KY237

在线出版日期：2020-03-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：621-625