二代测序技术检测大头金蝇携带细菌的研究

摘要：

目的 研究高通量测序技术在医学媒介生物携带细菌检测中的应用,建立一种操作简便、经济高效和鉴定准确的检测方法.方法 优化样本处置和细菌提取等前处理方法、优化PCR反应体系和条件;以大头金蝇为研究材料,利用Illumina高通量测序平台,以二代测序技术(NGS)检测16S rRNA的V3可变区,分别研究其体内外携带细菌的情况.结果 在大头金蝇体表和体内共有95种细菌鉴定到种,235种细菌鉴定到属,体表携带15个门的细菌,而体内仅携带6个门的细菌.但是从能确定细菌种类的序列数来看,体内(376 282条)所携带细菌的数量却是体表(241 375条)的1.56倍.厚壁菌门(Phylum Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)的细菌总 数在体内外被检测到的概率分别为99.83％和97.75％,检测到的细菌种类数远超传统方法.结论 建立的样本收集和前处理方法、PCR扩增体系和条件有效、可行,利用Illumina高通量测序平台进行医学媒介生物携带细菌的NGS检测新方法可行并可推广.

关键词：Illumina测序平台、V3可变区、细菌、大头金蝇

所属期刊栏目：28

分类号：R384.2;R37(医学寄生虫学)

资助基金：国家重点研发计划课题2016YFF0203205;国家质量监督检验检疫总局科技计划项目2015IK067,2015IK069;广东省省级科技计划项目2015A050502009;中山市科技计划项目2014A2FC252Supported by the National Quality Infrastracture Program2016YFF0203205;Administration of Quality Supervision,Inspection and Quarantine Support Program of China2015IK067,2015IK069;Science and Technology Project of Guangdong Province2015A050502009;Science and Technology Plan Project of Zhongshan City2014A2FC252

在线出版日期：2017-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：124-130