基于TCGA数据库下吸烟史肺鳞癌患者DNA甲基化谱的生物信息学分析

摘要：

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库探讨吸烟史肺鳞癌患者的DNA甲基化谱特点.方法 从TCGA数据库下载吸烟史肺鳞癌患者(213 例)及非吸烟史肺鳞癌患者(178 例)的临床数据、甲基化DNA芯片数据,首先分析两组患者总生存(OS)和甲基化基因的差异.然后进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并建立PPI分析找出关键甲基化基因.最后分析两组关键DNA甲基化水平之间的差异.结果 吸烟患者OS显著低于非吸烟组(P＜0.05).吸烟及非吸烟肺鳞癌患者共筛选出差异甲基化基因共计62 个,其中上调 48 个,下调 14 个.吸烟与非吸烟肺鳞癌患者甲基化基因情况共有10 条显著差异性富集信号通路(P＜0.05).两组患者差异显著富集条目30 个,其中10 个与生物过程相关,10 个与细胞组分相关,10 个与分子功能相关.两组患者差异表达的 DNA甲基化关键基因别为前梯度基因(AGR)2、极光激酶(AURK)B、叉状头转录因子(FOX)P3 和高迁移率蛋白A1 基因(HMGA1).吸烟组AGR2、AURKB及HM-GA1 甲基化水平显著高于非吸烟组,而FOXP3 水平明显低于非吸烟组(P＜0.05).结论 通过 DNA甲基化谱分析发现,AGR2、AURKB、FOXP3 和HMGA1 的甲基化水平是影响有吸烟史肺鳞癌患者的关键节点.

关键词：癌症基因组图谱(TCGA)、肺鳞癌、吸烟、DNA甲基化谱

所属期刊栏目：43

分类号：R734.2(肿瘤学)

资助基金：河南省科技攻关支持项目;河南省高等学校重点科研项目

在线出版日期：2023-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：3118-3122