多发性硬化症患者外周血T细胞中差异表达基因及信号通路的生物信息学分析

摘要：

目的 探讨多发性硬化症(MS)患者外周血T细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路.方法 首先,从GEO数据库下载了GEO数据系列GSE43591,GSE13732,GSE32988,包含了42例T细胞实验样本和35例健康对照样本的基因芯片数据;其次,在R软件中使用limma包等筛选鉴定出差异表达基因(DEGs),并进行了层次聚类分析.最后,通过两两取交集,得到了77个上调DEGs和61个下调DEGs,然后采用包括DAVID、PATHER、Reactome、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析.结果 最重要的关键DEGs,包括EIF4E、RPL37A、RPS24、RPL31、EIF4G1、HIST2H2BE、CCL5、NACA、SMC3、SRSF11、TPR、ZEB1、CCR2、HNRNPA0、OTUD1、PURA;一些涉及MS患者致病相关的通路如:白细胞介素(IL)-10信号、趋化因子和细胞因子信号通路介导的炎症、脂肪细胞因子信号通路、瘦蛋白信号、趋化因子信号通路;涉及及生物过程如:单核细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞趋化作用的正调节、趋化因子介导的信号通路、病毒转录、T细胞趋化作用的正调节;涉及的分子功能如:RNA结合、CCR1趋化因子受体结合、蛋白结合、CCR5趋化因子受体结合、多聚(A)RNA结合、热休克蛋白结合等.结论 关键致病基因可能通过多种信号途径引起MS,并参与其他一些自身免疫性、炎症性疾病的发病过程.

关键词：多发性硬化、T细胞、差异表达基因、关键基因、蛋白相互作用网络、功能富集分析

所属期刊栏目：40

分类号：R744.51(神经病学与精神病学)

资助基金：国家自然科学基金;泸州市科技局项目﹝2016-S-65;德阳市中江县经济信息化和科技局科技计划项目2019年

在线出版日期：2020-06-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：2331-2339