白灵菇菌丝体转录组测序及生物信息学分析

摘要：

白灵菇经液体振荡培养得菌丝球,利用Illumina测序平台对其进行转录组测序,获得白灵菇转录组数据,经过质量控制及过滤,共获得26973356条纯净序列,基于RNA-Seq技术和FastQC(v0.11.4)软件对数据进行质量评估,转录组序列共计4.02Gb个碱基,GC含量为53.09％,碱基质量值Q20为98.52％;Q30为95.56％.对测序数据拼接组装后获得32969条Unigene.将获得的Unigene分别与KEGG、Nr、GO和COG等数据库进行比对,共有21808条Unigene得到注释,占总Unigene的66.15％.其中12433条Unigene在GO数据库中得到注释,按照功能分为3个大类和61个亚类;1304条Unigene在KEGG数据库中得到注释,涉及111条代谢通路;21664条Unigene在Nr数据库中获得注释,同源序列主要来自真姬菇;12461条Unigene在COG数据库得到注释,涉及25个不同的功能分类.SSR特征分析中共检测到3014个位点,其中三核苷酸重复1869个,占SSR位点总数的62.01％.本研究构建白灵菇转录组数据库并进行生物信息学分析,为后续开展种质资源鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究提供科学依据.

关键词：白灵菇、转录组测序、基因注释

分类号：S646

资助基金：国家自然科学基金;牡丹江师范学院科技创新项目

在线出版日期：2022-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

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