基于GEO数据的缺血缺氧性脑损伤基因表达差异分析
目的 基于基因表达数据库(GEO)分析缺血缺氧性脑损伤的基因表达差异,探讨差异表达基因调控的功能通路.方法 将2021年4月作为时间截点,基于GEO筛选缺血缺氧性脑损伤相关基因表达谱数据,选择"Ischemic hypoxic brain damage"作为筛选条件,"human"为物种类型.使用GEO在线分析工具(GEO2R)对缺血缺氧性脑损伤差异表达基因进行分析,并对通路富集情况做京都基因和基因组百科全书(KEGG),使用蛋白质相互作用关系网络(PPI)找出关键基因及蛋白靶标,分析差异基因表达情况.结果 鉴定得到251个差异表达基因;KEGG分析显示,有10条差异有显著性的富集信号通路(P<0.05),主要与细胞周期、蛋白酶体、核糖体、脱氧核糖核酸复制、泛素介导的蛋白水解等相关;根据GO功能分析得到显著富集条目30个,其中与生物过程、细胞组分、分子功能相关分别为10个;STRING分析显示,在缺血缺氧性脑损伤PPI网络中,提取包含142种基因的核心网络,其中排名前10的分别是细胞周期蛋白D1(Ccnd1)、70 kDa热休克蛋白(HSPA)1B、肉瘤病毒癌基因同源物(JUN)、信号转导子和转录激活子3(STAT3)、转录激活因子3(ATF3)、转录激活因子4(ATF4)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、HSPA5、髓细胞增生蛋白(MYC)、热休克转录因子1(HSF1).结论 Ccnd1、HSPA1B、JUN、STAT3、ATF3、ATF4、VEGFA、HSPA5、MYC、HSF1为缺血缺氧性脑损伤主要影响基因,可能通过细胞周期、蛋白酶体、泛素介导的蛋白水解等途径影响缺血缺氧性脑损伤的发生发展.
缺血缺氧性脑损伤、GEO数据库、差异基因表达、生物信息学
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R743;Q189(神经病学与精神病学)
首都医科大学科技技术;社科计划项目
2022-09-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
385-391
