从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题

摘要：

我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具.本综述不讨论CVTree的生物学结果,而着重从非线性科学的角度,介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题.这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章.我们特别希望,本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree方法的理论基础更为坚实.

关键词：无序列比对、全基因组亲缘关系、原核生物、组合学、欧拉圈、可因式化语言

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资助基金：国家重点基础研究发展计划编号:2007CB814800,2013CB834100、上海市基础研究计划编号:B111和复旦大学物理系应用表面物理国家重点实验室资助项目

在线出版日期：2014-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1301-1310