动力学接触序:基于量子跃迁的蛋白质折叠速率参数

摘要：

把蛋白质折叠看成多肤链上扭转态间的量子跃迁,依据构象动力学的量子理论,提出用接触残基间多肤链转动惯量和扭转势能来表征接触特性的动力学接触序,从而能定量地从动力学角度研究蛋白质折叠速率.在80个蛋白的数据集上实验,证实了构象量子跃迁观点的合理性并得到以下结论:(1)折叠速率与接触转动惯量之间存在显著相关性;(2)多态蛋白的折叠可以看成在同样转动惯量、温度等条件下的二态蛋白折叠基础上的中间态延迟,并估计了延迟时间的数量级;(3)折叠可以分为释能和吸能两类,蛋白质折叠速率上限由释能折叠决定,并导出大多数折叠速率大的二态蛋白的量子跃迁过程为释能反应,而折叠速率小的多态蛋白为吸能反应.

关键词：转动惯量、动力学接触序、蛋白质折叠速率

所属期刊栏目：40

分类号：Q5(生物化学)

资助基金：内蒙古自治区科学技术特别贡献奖励基金2008;内蒙古工业大学科学研究项目ZD200917

在线出版日期：2011-05-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：887-894