基于网络特征的药物靶蛋白识别

摘要：

蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.

关键词：药物靶点、蛋白质互作、拓扑特征

所属期刊栏目：38

分类号：R9(药学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2007AA02Z329;国家自然科学基金30571034;30370798;30570424;30600367;北京市新世纪百千万人才工程项目;北京市教育委员会科技发展计划KM200610025011

在线出版日期：2009-05-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1184-1190