应用RNA-Seq技术筛选唾液腺腺样囊性癌嗜神经侵袭相关差异表达基因

摘要：

目的:应用RNA-Seq技术分析与施万细胞共培养前、后的唾液腺腺样囊性癌细胞(SACC)的基因表达水平变化,明确嗜神经侵袭(perineural invasion,PNI)相关基因.方法:采用腺样囊性癌与SD大鼠施万细胞共培养模型,分析共培养前、后SACC细胞基因表达变化,对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并采用qRT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证.采用edgeR软件(3.12.1)进行表达差异显著性分析,将P≤0.05、差异表达倍数的绝对值大于1作为差异显著性标准.结果:在腺样囊性癌单独培养组与共培养组之间发现395个差异表达基因(P≤0.05,|logFC|≥1.0),其中135个基因上调(34.2％),260个基因下调(65.8％).GO功能富集分析结果表明,这些PNI相关差异表达基因参与了血管再生、细胞外基质的组成、细胞增殖、凋亡和上皮形态发生;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与组氨酸代谢、肿瘤坏死因子、趋化因子等细胞因子受体相互作用等重要生物学通路.利用qRT-PCR技术对其中6个关键基因进行验证,验证结果与RNA-Seq趋势一致.结论:得到了SACC嗜神经侵袭PNI的相关差异基因,为阐明SACC的嗜神经侵袭机制提供了实验依据.

关键词：唾液腺、腺样囊性癌、转录组测序技术、差异表达基因、嗜神经侵袭

所属期刊栏目：16

分类号：R739.8(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81372901,81302352

在线出版日期：2018-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：114-119