基于长链非编码RNA调控ceRNA网络的缺血性脑卒中相关分子机制

摘要：

目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制.
方法:从GEO数据库下载IS相关的miRNA、mRNA和lncRNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过starBase、miRDB和miRwalk数据库进行lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA关系预测,并构建ceRNA网络.预测与差异分析的结果取交集后筛选出差异靶基因(DETmRNAs),利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析,String数据库构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件识别核心靶基因.
结果:共筛选出存在明显差异表达的miRNAs 20个,mRNAs 1512个,lncRNAs 278个,并成功构建了51ncRNAs-6miRNAs-102mRNAs互作的ceRNA网络.筛选出的285个DETmRNAs所富集的功能主要包括染色质的组织、磷蛋白磷酸酶活性的负向调节和细胞周期等生物学过程,涉及白细胞经内皮迁移、血小板激活等信号通路,最终识别出排名前 10 的核心靶基因为 CREB1、MAPK1、GSK3B、SP1、PIK3R1、NR3C1、NCOR1、NFATC1、SETD2、NSD1.
结论:构建ceRNA网络有助于进一步认识IS的分子机制和筛选潜在的生物标志物,为后续康复治疗靶点的确定和制定康复策略提供一些线索.

关键词：缺血性脑卒中、生物信息学、GEO数据库、ceRNA调控网络、生物标志物

所属期刊栏目：39

分类号：R743(神经病学与精神病学)

资助基金：福建省科技创新联合资金引领项目;福建省卫生健康青年科研课题;福建医科大学启航基金项目

在线出版日期：2024-02-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：53-61