10.3977/j.issn.1005-8478.2023.13.11
激素性股骨头坏死的生物标志与免疫浸润分析
[目的]探讨参与激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of femoral head,SONFH)的潜在长链非编码RNA(lncRNA)和信号通路,并研究其分子机制.[方法]从NCBl-GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载微阵列数据(GSE123568),并使用生物信息学工具对其进行分析.通过分析差异表达基因(differential expressed genes,DEG)、京都基因和基因组百科全书扩增通路、基因本体论,鉴定出蛋白质-蛋白质相互作用网络,确定了 3个关键非编码基因和6个关键mrna.并进一步研究激素性股骨头坏死mRNAs、miRNAs和lncRNAs的共表达谱,建立SONFH特异性竞争内源性RNA(ceRNA)网络,分析免疫浸润,探索DEG与免疫细胞的相关性.最后用GSE26316进行验证.[结果]在基因芯片中总共获得了 374个mRNA,258 个下调,116 个上调.获得 7 个 lncRNA,其中 C20orf197、MIR22HG、XIST 是差异显著的 lncRNA(P＜0.05).生物过程分析结果表明,DEG在炎症反应中富集明显;分子功能分析表明,DEG在泛素-蛋白质转移酶活性、泛素蛋白连接酶结合、受体活性富集显著;对于细胞组分分析表明,DEG主要富集于细胞质.PPI网络模块中的基因主要在GO的血影蛋白相关细胞骨架、质膜和细胞骨架的结构成分中富集显著,而在KEGG中,主要在Toll样受体信号通路中富集.本研究共得到了 6个关键基因.通过分析其免疫浸润,发现与正常组织相比,SONFH组织含有更多比例的CD4原始T细胞(P＜0.05),从GSE26316数据集验证了关键基因FOXO3的表达水平.[结论]C20orf197、MIR22HG、XIST是SONFH发病过程中的潜在标志物,基因轴XIST/Has-miR-217/FOXO3在SONFH的发生发展过程中起到重要作用.
激素性股骨头坏死、长非编码RNA、发病机制
31
R681.57(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)
国家自然科学基金;河南省自然科学基金青年项目
2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
1208-1213
