刚地弓形虫入侵人包皮成纤维细胞前后转录组差异分析

摘要：

目的 利用RNA-seq技术分析刚地弓形虫入侵人包皮成纤维(HFF)细胞前后转录组的差异.方法 将纯化的刚地弓形虫RH株速殖子与HFF细胞按3∶1的比例共培养,37℃、5％CO2培养24 h后收集HFF细胞和弓形虫共培养物(感染组),以纯化弓形虫RH株速殖子作为对照组.提取感染组和对照组总RNA,纯化mRNA并构建转录组文库,利用BGISEQ-500平台进行高通量测序,测序获得的质控数据与NCBI数据库中的弓形虫基因组(GCF_000006565.2_TGA4_ncbi)进行比对,对感染组与对照组相比差异倍数≥2.0且P＜0.05的差异表达基因进行功能注释、基因本体(GO)功能富集分类、富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白相互作用网络分析.结果 共测序获得5 888个基因,差异基因986个,其中上调基因533个,下调基因453个.GO分析结果显示,富集的GO条目分别为膜、膜的组成部分、膜的固有成分、膜相关组分等.KEGG富集通路主要为胃癌、脂肪酸生物合成、钙离子信号等通路.蛋白相互作用网络分析结果显示,相互作用蛋白数最多的6个蛋白分别是 TGME49_282200、TGME49_305980(PDHE3I)、TGME49_316310(SOD)、TGME49_310440(MORN1)、TGME49_237110和TGME49_222020(PGKII).结论 弓形虫RH株速殖子入侵HFF细胞前后转录组存在差异,差异表达基因KEGG富集通路主要为胃癌、脂肪酸生物合成、钙离子信号等通路,筛选出6个相互作用蛋白数量最多的蛋白基因.

关键词：刚地弓形虫;转录组;差异表达基因

所属期刊栏目：39

分类号：R382.5(医学寄生虫学)

资助基金：山东省重点研发项目;国家自然科学基金;山东省医药卫生科技发展计划项目;山东省医学科学院青年项目;山东第一医科大学学术提升计划

在线出版日期：2021-10-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：480-486