厦门市11株柯萨奇病毒A4型分离株全基因组序列分析

摘要：

目的 通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征.方法 将PCR检测阳性且Ct值＜25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装;获得的基因组序列提交至肠道病毒分型网站获得毒株血清型,同时与公共数据库下载的其他国家或地区的CVA4毒株序列通过MegAlign、Mega X、Simplot3.5.1软件分别进行相似性分析、系统进化树分析和重组分析.结果 11株毒株全基因组序列长度在7 434～7 419 bp之间,血清型均为CVA4,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为91.7％～99.3％和98％～100％;与原型株序列相比,核苷酸序列何氨基酸序列相似性分别在84.3％～84.7％和97.1％～97.3％之间;与其他参考序列相比,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为80.8％～98.8％和96.9％～99.6％;全基因组遗传进化分析表明,其与中国其他地区CVA4毒株序列属同一遗传分枝;根据VP1基因进化树分析,本研究的毒株与中国其他地区毒株属于C基因型中的C2亚型;重组分析结果显示,11株CVA4与其他毒株无明显重组特征,但其中1株的部分区段序列与CVA2毒株序列一致性可达97.2％,剩余毒株与既往重组株相似度可高达98.6％.结论 11株CVA4毒株为中国主要流行基因型,虽然与其他毒株无重组现象,但是与其他型别及以往重组株相似性较高,故在工作中需加强毒株重组监测,为手足口病的预防控制工作提供数据支撑.

关键词：柯萨奇病毒A组4型(CVA4)、全基因组、基因测序、基因重组

所属期刊栏目：19

分类号：S852.65;R373.2;R181

资助基金：厦门市重点专科建设项目

在线出版日期：2024-06-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：665-670