结核分枝杆菌PhoP蛋白的生物信息学分析

摘要：

目的 应用生物信息学软件预测结核分枝杆菌PhoP基因编码蛋白的结构和功能. 方法 从NCBI数据库获取PhoP基本的基因信息及其编码序列氨基酸信息;应用ProtParam软件预测PhoP蛋白的理化性质;利用SignalIP4.1和TMHMM分析其信号肽和跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白三级结构模型;采用Bepipred 1.0 Server和SYFPEITHI分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位. 结果 PhopP蛋白共250个氨基酸,分子式为C1226H1974N346O364S4,原子总数3 914,半衰期为30 h,预测该蛋白为稳定性亲水性蛋白;二级结构中α-螺旋、β-转角、β-折叠、无规则卷曲分别占36.03％、10.58％、24.7％和27.94％,预测的B细胞、CTL细胞抗原表位分别为21个和7个;PhoP基因与天蓝色链霉菌同源性较高;其编码蛋白的相互作用蛋白为PhoR、senX3、trcS等. 结论 生物信息学分析PhoP为稳定蛋白,且含有潜在的B、T细胞抗原表位,是结核病诊断及治疗的潜在候选因子.

关键词：结核分枝杆菌、PhoP基因、生物信息学

所属期刊栏目：13

分类号：R378.911(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金No.81660330

在线出版日期：2018-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：575-579