从粪便中分离隐孢子虫用于全基因组测序的研究

摘要：

目的 使用新的方法直接从少量粪便样品中分离和纯化隐孢子虫卵囊,并进行全基因组扩增(whole genome amplification,WGA),从而获得符合全基因组测序要求的隐孢子虫DNA. 方法 10份新鲜牛源隐孢子虫粪便样品,用蔗糖和氯化铯离心法分离卵囊,然后使用免疫磁珠试剂盒纯化;用漂白水进行卵囊表面消毒,以除去细菌及真菌等病原微生物.采用QIAamp DAN Mini kit试剂盒提取基因组DNA,然后采用REPLI-g MIDI kit试剂盒进行WGA,最后,采用定量PCR对基因组DNA进行量和纯度检测. 结果 分离纯化后的卵囊计数为2.81×104个/g～2.90×107个/g.提取基因组DNA后进行WGA,所有扩增产物均为大分子片段,表明WGA成功.WGA产物的DNA浓度为55.3ng/μl～357.5 ng/μl.隐孢子虫SSU rRNA基因的定量PCR扩增显示,10份样品纯化WGA产物的CT值范围为9.75～17.76,其中有7个样品CT＜15,满足全基因组测序要求. 结论 直接从粪便中分离和纯化隐孢子虫卵囊再进行WGA,可使隐孢子虫的基因组DNA浓度和纯度能达到测序要求,该方法使隐孢子虫全基因测序常规化是可行的.

关键词：隐孢子虫、纯化卵囊、免疫磁珠分离、全基因组扩增、定量PCR

所属期刊栏目：12

分类号：R382.3(医学寄生虫学)

资助基金：黑龙江省教育厅科学技术研究项目No.12541280

在线出版日期：2017-12-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：830-832