螨类变应原的聚类及相关生物信息学分析

摘要：

目的 分析螨变应原的聚类、所属的蛋白家族及其氨基酸序列组成特点. 方法 从国际免疫学会联合会变应原命名数据库获得螨类变应原氨基酸序列,采用生物信息学方法进行进化树构建、蛋白质家族和超家族分类、序列比对、二级结构分析和序列相似度分析. 结果 螨类变应原第1～24组分在系统进化树中按照功能聚类成7大簇,归属于Trypsin等16个蛋白质家族和E set domains等13个蛋白质超家族.通过序列比对,获得螨类变应原第1、2组分的一致性氨基酸和独有氨基酸信息及第1、2组分亚型间氨基酸置换信息.螨类变应原第1、2组分的二级结构基本都由α-螺旋、延伸主链和无规卷曲构成,但Tyr p 2的二级结构不含α-螺旋.Der f 1、Der p1和Eur m 1序列相似度高(82.77％～84.50％),在进化树中也聚类在一起;Der f 2、Der p 2和Eur m 2亦然(相似度分别为84.17％～85.15％). 结论 螨类变应原第1～24组分归属于16个蛋白质家族和13个蛋白质超家族,并聚类为7个簇,每簇变应原都有其特定功能,可为新变应原的寻找和变态反应学的基础研究提供参考,并为重组变应原的研究提供新的方向.

关键词：螨类变应原、聚类分析、生物信息学分析

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分类号：R384.4(医学寄生虫学)

资助基金：国家自然科学基金项目NSFC31272369,NSFC81001330,30660166;江苏省卫生厅招标项目Z200914;江苏省卫生职业技术教育研究立项课题J200907;江苏省“六大人才高峰”第六批资助项目

在线出版日期：2014-04-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：163-167,171