质谱法定量生态物种基因组DNA低甲基化

摘要：

为了定量生态相关物种基因组中低丰度的5-甲基-2-脱氧胞苷(5-mdC),建立了一种采用高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)的无标记方法.全基因组DNA甲基化计算公式5-mdC(mole)/(5-mdC(mole)+dC(mole)可以转化为1/(1+dC(mole)/5-mdC(mole)),然后通过HPLC-MS/MS得到DNA样品中5-mdC和dC的物质的量比(dC(mole)/5-mdC(mole))即可得到基因组DNA甲基化值.此外,还对HPLC条件进行了优化使正常核苷和修饰核苷基线分离,消除分析物的交叉干扰.本方法避免了使用昂贵的稳定同位素标记内标,在等度高效液相色谱条件下实现了正常和修饰核苷基线分离,5-mdC和dC的保留时间分别为5.50和3.06min.5-mdC和dC的定量限分别为14.2和19.1pg/mL.日内和日间偏差和准确性(相对误差)都≤10％.该方法测定的小牛胸腺DNA和大型蚤及秀丽线虫的全基因组DNA甲基化值分别为(6.44±0.25)％,(0.097±0.010)％和(0.025±0.002)％.采用HPLC-MS/MS技术建立并验证了一种快速、高精密度和灵敏度的DNA样品全基因组DNA甲基化测定方法,适用于评估环境污染物对生态学相关物种的潜在表观遗传风险.

关键词：全基因组DNA甲基化、无标记、电喷雾质谱、表观遗传效应、生态物种

所属期刊栏目：42

分类号：X172(环境生物学)

资助基金：广东省自然科学基金资助项目;东莞市社会科技发展重点项目;东莞市社会科技发展重点项目;东莞市社会科技发展重点项目

在线出版日期：2022-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：3385-3391