成骨不全环状RNA生物信息学分析

摘要：

目的 对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用.方法 采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子.采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子.结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个.其中MIB1_hsa_circ_ 000886,MIB1_ hsa_circ_002013,CPNE1 _hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用.另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用.miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切.通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用.PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_ hsa_circ_001439之间存在相互作用.NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ 001649之间存在相互作用.结论 本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础.

关键词：成骨不全、miRNA、circRNA、靶基因、信号通路、生物信息学预测

所属期刊栏目：23

分类号：R681(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)

在线出版日期：2017-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：431-436