采用宏基因组学分析肺结核患者与健康人群呼吸道微生物菌群的特征

摘要：

目的 明确肺结核患者和健康人群的呼吸道微生物菌群组成的变化情况.方法 时间限定为2010年1月至2019年12月,在英文数据库(PubMed、Embase and Ovid、Web of Science、Google Scholar、Cochrane Library)和中文数据库(中国知网、万方、中国生物医学文献服务系统与维普)检索所有包含结核和呼吸道菌群的文献,按照文献检索流程筛选文献并最终纳入.收集所有可用的下一代测序数据,统一处理参数,进行数据预处理和系统的宏基因组学分析及统计学处理.结果 共纳入9篇英文文献.物种分析结果提示肺结核组和健康对照组在门水平相对丰度排在前10位的共有菌群有:厚壁菌门、OD1菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、梭杆菌门、蓝菌门.但两组呼吸道菌群群落结构组成差异有统计学意义,α多样性分析显示,肺结核组观测到的可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数目(286.60±22.82)、Faith谱系多样性(phylogenetic diversity,PD)指数(Faith PD指数)(13.57±2.58)、Shannon指数(7.17±0.24)明显高于健康对照组(分别为42.88±2.49、6.52±0.22、4.42±0.07),差异均具有统计学意义(P值分别为0.00016、0.00056、0.00016).肺结核组Chao1指数高于健康对照组(266.50±92.71和38.44±2.86),但差异无统计学意义(P＞0.05).门水平上两组丰度有差异的物种有6种,其中5种在健康对照组聚集,为厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、变形菌门,另有OD1门在肺结核组聚集.F16科、丙型变形菌纲、梭杆菌门梭杆菌目、厚壁菌门下的明串珠菌科和芽孢杆菌科是肺结核特有的菌群种类.结论 肺结核患者与健康人群比较,呼吸道菌群的多样性及物种组成均发生了较大变化,并具有特有的菌群种类.

关键词：结核、肺、呼吸道黏膜、微生物学、宏基因组、数据说明、统计

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资助基金：重庆市自然科学基金;重庆市科卫联合医学科研项目;重庆市公共卫生医疗救治中心青年科研创新基金

在线出版日期：2020-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1100-1108