10.11798/j.issn.1007-1520.202321515
基于N6-甲基腺苷相关长链非编码核糖核酸表达的喉鳞状细胞癌预后分析
目的 探索N6-甲基腺苷(m6A)相关长链非编码核糖核酸(lncRNA)与喉鳞状细胞癌(LSCC)的预后关系及其临床意义.方法 获取癌症基因组图谱(TCGA)数据库LSCC的转录组数据和临床数据,共表达分析筛选m6A基因相关的lncRNA,单变量Cox分析m6A相关lncRNA与LSCC预后关系、套索回归及交叉验证法迭代分析构建LSCC预后模型.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)验证构建预后模型的lncRNA在LSCC中的转录水平.通过预后模型计算风险评分,将LSCC区分为高、低风险患者,高、低风险患者之间进行基因集富集分析(GSEA).风险评分与浸润LSCC的免疫细胞进行免疫相关性分析.结果 m6A相关基因与lncRNA的共表达分析筛选出169个与m6A基因相关的lncRNA(相关系数＞0.4,P＜0.001),通过单变量Cox分析确定了 LSCC预后相关lncRNA:ALOX12-AS1(P＜0.05)、LINC00528(P＜0.05)、STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB(P＜0.05)、MNX1-AS1(P＜0.01)和LINC02043(P＜0.05).套索回归、交叉验证迭代分析结果:变量为4时模型的均方根误差最小,即5 个预后相关 lncRNA 仅有 ALOX12-AS1、LINC00528、STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB 与 MNX1-AS1 可作为模型变量.预后模型:风险评分=(0.176723096228585 × MNX1-AS1 表达量)+(-0.614916717648596 × ALOX12-AS1 表达量)+(-0.814201385798827 × LINC00528 表达量)+(-0.436537752110547 × STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB 表达量).qPCR 结果 ALOX12-AS1(P＜0.0001)、LINC00528(P＜0.01)、STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB(P＜0.0001)、MNX1-AS1(P＜0.0001)较于癌旁组织,在LSCC组织表达水平上调.GSEA分析结果:高风险患者在细胞-基质粘附(KEGG_FOCAL_ADHESION)(P＜0.05)与细胞外基质受体相互作用(KEGG_ECM_RECEPTOR_INTERACTION)(P＜0.05)的通路下调,低风险患者在碱基切除修复(KEGG_SPLICEOSOME)(P＜0.05)、剪接体(KEGG_SPLICEO-SOME)(P＜0.05)通路上调.风险评分与免疫浸润细胞相关性分析,风险评分与效应B细胞(R=-0.24,P=0.017)、细胞毒性T细胞(R=-0.26,P=0.0091)和T滤泡辅助细胞(R=-0.22,P=0.028)呈负相关.结论 基于m6A相关LncRNA表达量构建的LSCC预后模型可作为预测LSCC患者预后的有效工具.
喉鳞状细胞癌、N6-甲基腺苷、长链非编码核糖核酸、基因富集分析、免疫相关性分析
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R739.65(肿瘤学)
国家自然科学基金;广西医科大学第二附属医院NSFC培育项目;广西卫生计生委自筹项目;广西中医药管理局课题
2023-04-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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