变应性鼻炎特异性病毒应答相关基因的生物信息学分析

摘要：

目的 变应性鼻炎(AR)患者感染鼻病毒后病情及气道炎症加重,但其分子机制尚未完全阐明.本研究通过生物信息学方法分析双链RNA (dsRNA)刺激后AR鼻黏膜上皮细胞中特异的基因表达特征.方法 基于GEO数据库的GSE51392数据集,利用R语言的Limma函数筛选出dsRNA刺激后AR上皮细胞特异性差异表达基因(DEGs).通过GO和KEGG进行通路富集分析,以确定这些基因参与的生物学过程及功能.此外,通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape寻找AR特异性的hub基因和集簇.结果 共筛选出545个上调和400个下调的AR特异性DEGs,包括上调基因PPBP/CXCL7和下调基因IL20、BLNK、CEBPD、LY96.通过GO和KEGG分析,我们发现dsRNA刺激后AR与健康对照受试者(HC)上皮相比具有不同的功能和信号通路.此外,AR特异性的DEGs构建了由791个节点和603条连线组成的PPI网络.并利用MCODE从该PPI网络中筛选出PPBP/CXCL7等16个hub基因和5个重要集簇.结论 本研究通过生物信息学对数据进行挖掘并筛选出dsRNA刺激后AR特异性病毒应答相关基因,提示上调的hub基因以及下调的IL20、BLNK、CEBPD和LY96可能是鼻病毒诱发AR加重的重要因素.为下一步的研究提供参考.

关键词：变应性鼻炎;鼻黏膜上皮细胞;生物信息学;差异表达基因

所属期刊栏目：28

分类号：R765.21(耳鼻咽喉科学)

资助基金：国家自然科学基金81725004

在线出版日期：2022-03-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：43-50