焦磷酸测序技术在确证猪甲型H1N1流感病毒中的应用

摘要：

目的本研究旨在通过对猪甲型H1N1流感病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术建立一种快速、简单地确证猪甲型H1N1流感病毒的方法.方法通过序列信息比对,设计H1HA和N1NA基因保守区段的扩增引物及测序引物.从感染猪甲型H1N1病毒的鸡胚尿囊液中提取病毒RNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(PSQ)针对HA基因和NA基因进行保守核苷酸区段的测序分析.利用扩增引物与其他猪源病毒进行特异性试验,利用测序引物进行重复性试验.将该方法与病毒分离和荧光定量RT-PCR方法做临床样品的平行检测,并比较结果.结果通过序列信息比对寻找到表征H1N1亚型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为猪甲型H1N1流感病毒.特异性试验表明,不与其他猪源病毒发生交叉反应;重复性试验表明,重现性为100%.对221份临床样品检测表明,病毒分离鉴定与焦磷酸测序方法结果符合率为96.8%,与TaqMan荧光定量方法检测结果符合率90.3%.经统计学分析,焦磷酸测序确证与病毒分离鉴定在检测临床样品上,两者差异不显著.结论基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用.

关键词：猪甲型H1N1流感病毒、序列比对、焦磷酸测序

所属期刊栏目：28

分类号：S852.659.2;S858.28(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家质检总局基金项目2010IK023

在线出版日期：2011-08-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：48-52,58