2017-2021年江苏省临床分离耶尔森菌分子特征分析

摘要：

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为
Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及
Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、
virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。
结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了
Yersinia proxima和
Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

关键词：耶尔森菌属、全基因组重测序、毒力基因、16S核糖体RNA基因多态性、Yersinia proxima、Yersinia canariae

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资助基金：国家科技重大专项2018ZX10713-003-002、2018ZX10713-001-002;江苏省卫生健康委科研重点项目ZD2021037;National Science and Technology Major Projects2018ZX10713-003-002, 2018ZX10713-001-002;Key Scientific Research Foundation of Jiangsu Commission of HealthZD2021037

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：190-195