基于单核苷酸多态性的甘肃省鼠疫耶尔森菌基因分型研究

摘要：

目的:探讨基于单核苷酸多态性（SNP）的甘肃省鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的基因分型及其地区分布特征。方法:选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌，培养并提取基因组DNA，进行Illumina PE150二代测序，鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点，采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征，并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果:甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点，其中，基因间区位点28个，非同义突变位点43个，同义突变位点31个，无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群，分别为古典型（1.IN2、3.ANT），中世纪型（2.MED）。其中，35株属于1.IN2群，13株属于3.ANT群，4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇，肃南县马蹄乡、大河乡，夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马场2个亚群。结论:SNP方法能够对甘肃省不同鼠疫疫源地的鼠疫菌进行基因分型，且具有一定的区域性特征。

关键词：单核苷酸多态性、鼠疫耶尔森菌、基因分型

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资助基金：甘肃省卫生行业计划项目GSWSKY-2017-21;Gansu Health Industry ProgramGSWSKY-2017-21

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：883-889