利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达miRNA

摘要：

目的 利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达miRNA,并分析与患者预后相关的差异miRNA.方法 利用GEOquery分析甲状腺髓样癌数据集GSF40807和GSE97070,乳头状癌数据集GSE73182和GSE113629的差异表达miRNA,分别利用韦恩图寻找共同差异miRNA,分析甲状腺髓样癌和乳头状癌差异表达miRNA的差别.利用on-comiR网站分析甲状腺乳头状癌差异表达miRNA患者生存情况.明确与甲状腺乳头状癌患者生存相关的miRNA,应用miRDB,miRTarBase和TargetScanHuman 7.2预测差异表达miRNA的靶基因,利用韦恩图寻找共同差异靶基因,进行富集分析.结果 通过分析发现甲状腺乳头状癌的共同差异miRNA分别是下调的hsa-miR-144-3p、hsa-miR-204-5p、hsa-miR-451a、hsa-miR-7-5p和上调的hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-181a-5p、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-551b-3p;甲状腺髓样癌的共同差异miRNA分别是下调的hsa-miR-630和上调的hsa-miR-375、hsa-miR-429、hsa-miR-127-3p、hsa-miR-487b、hsa-miR-410.oncomiR网站分析hsa-miR-146b-5p与甲状腺乳头状癌患者生存相关.通过miRDB,miRTarBase and TargetScanHuman 7.2分析共发现11个差异靶基因,GO功能分析发现PPP1R11/TRAF6/ZNRF3聚集在泛素蛋白连接酶活性和泛素样蛋白连接酶活性等分子功能上.KEGG通路分析差异靶基因主要集中在MAPK信号通路上.结论 Hsa-miR-146b-5p可能通过靶向IRAK1/ERBB4/TRAF6调控MAPK信号通路,影响甲状腺乳头状癌患者的长期生存,hsa-miR-146b-5p可能成为甲状腺乳头状癌预后的预测靶标之一.

关键词：甲状腺、乳头状癌、髓样癌、miRNA、GO、KEGG

所属期刊栏目：35

分类号：R591.1(全身性疾病)

资助基金：国家自然科学基金;天津市科技计划;天津市第一中心医院科技基金;天津市自然科学基金

在线出版日期：2020-07-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：105-108