新疆2011-2013年肠道病毒71型VP1区基因特征分析

摘要：

目的 了解新疆肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区基因特征.方法 选取2011-2013年新疆部分地州手足口病病例标本,临床标本或其病毒培养物经实时荧光PCR鉴定后,通过RT-PCR法进行VP1区编码基因扩增,并对扩增产物进行序列测定,所得序列用ChromasPro 1.7.4,BioEdit7.1.11和MEGA5.1软件进行序列校正、拼接、整理和分析,并与EV71各型及亚型参考序列构建基于VP1序列的系统进化树.结果 新疆EV71分离株之间核苷酸和氨基酸序列同源性在92.8％～100.0％和97.9％～100.0％,22株病毒株与安徽阜阳和山东临沂C4a基因参考株最为相近,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在93.9％～98.6％和98.6％～99.6％.而与A、B基因型参考株差异较大,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在82.1％～84.8％和95.9％～98.3％.直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定的阳性率为30.0％,低于用病毒培养物的阳性率(100.0％).结论 2011-2013年新疆EV71分离株均为C4a基因型,与安徽和山东分离的EV71毒株可能有相同的起源.直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定可用于肠道病毒的分型鉴定.

关键词：肠道病毒71型、VP1、序列分析、基因特征

所属期刊栏目：4

分类号：R373.2+4(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家“十二五”艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治科技重大专项2013ZX10004202-001

在线出版日期：2014-03-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：34-38