10.13419/j.cnki.aids.2023.04.02
基于三个基因区片段的Hiseq高通量测序用于HIV-1传播方向调查
目的 研究将基于HIV-1三个基因区(gag、pol、env)片段的Hiseq高通量测序和系统进化树分析用于HIV-1传播方向调查.方法 采集有明确HIV-1传播关系的3对夫妻的血液样本,提取全血中的DNA,进行HIV-1基因亚型分析.针对HIV-1 gag、pol、env基因区片段(长度依次为385 bp、388 bp、352 bp)分别进行巢式PCR扩增,将每份血样的三个基因区片段PCR产物纯化后混合构建DNA文库、Hiseq测序,根据测序结果分析HIV-1准种群分布,计算样本内、样本间的平均基因离散率,使用最大似然法构建所用优势准种群序列数由少到多(20、50、100、全部)时所得的系统进化树.结果 每对夫妻两人感染的HIV-1基因亚型分别相同.采用Hiseq测序,各基因区片段均获得了十万级的有效核酸序列数,代表71～793个独特准种群序列.样本内平均基因离散率分别为gag区0.5％～0.7％、pol区0.5％～1.0％、env区0.7％～4.4％,样本间平均基因离散率分别为gag区0.6％～17.3％、pol区0.6％～13.0％、env区1.6％～19.8％.利用不同数量的优势准种群序列构建系统进化树、结合不同靶基因片段的结果进行综合分析,每对夫妻两人间的传播方向均与背景信息相符.所用gag基因区片段在推断HIV-1传播方向方面的价值低于env和pol基因区片段的价值.结论 Hiseq测序可以有效用于HIV-1传播方向调查,不同基因区片段、不同优势准种群序列数分析结果的结合使用可以提高分析结果的可靠性.
1型艾滋病病毒、分子流行病学、高通量测序、准种、系统发育分析
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R512.91;R373.9(传染病)
国家十三五科技重大专项;国家十三五科技重大专项
2023-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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