SegHMC：一种基于Segmental HMM模型的顺式调控模块识别算法

摘要：

顺式调控模块(Cis-regulatory module, CRM)在真核生物基因的转录调控中起着重要作用,识别顺式调控模块是当前计算生物学的一个重要课题。虽然当前有许多计算方法用于识别顺式调控模块,但识别准确率仍有待进一步提高。将顺式调控模块的多种特征信息结合在一起,有助于提高识别顺式调控模块的准确率。基于此,本文提出了一种识别顺式调控模块的算法SegHMC (Segmental HMM model for discovery of cis-regulatory module)。该算法建立了一种关于顺式调控模块识别问题的Segmental HMM 模型,进一步扩展了顺式调控模块调控结构(或调控语法)的表示,不仅将顺式调控模块表示为模体(Motif )的组合,还进一步将模体共同出现的频率、模体顺序偏好以及顺式调控模块中相邻模体间的距离分布等特征引入到顺式调控模块的调控语法中。在模拟数据集和真实生物数据集上的实验结果表明,本文方法识别顺式调控模块的准确率显著优于当前的主要方法。

关键词：基因的转录调控、模体、Segmental HMM、顺式调控模块识别

所属期刊栏目：42

分类号：TS2;TQ6

资助基金：国家自然科学基金61173025,61373044,61502366;中国博士后科学基金2015M582621资助Supported by National Natural Science Foundation of China61173025,61373044,61502366;the Chinese Postdoctoral Sci-ence Foundation2015M582621

在线出版日期：2016-12-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：1718-1731