非特异性间质性肺炎关键基因与免疫细胞浸润分析及中药预测

摘要：

目的 探寻非特异性间质性肺炎相关的关键基因、发病机制、免疫细胞浸润水平和潜在治疗中药.方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE110147,利用R语言"limma"等相关拓展包筛选差异表达基因,通过STRING和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络图,并筛选出关键基因.关键基因通过基因芯片GSE101286进行验证后,利用R语言"clusterProfiler"等拓展包及Cytoscape软件中的GlueGO插件进基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,再基于CIBERSORT反卷积算法分析免疫细胞浸润模式.最后将关键基因导入Coremine Medical数据库中进行相关中药预测.结果 共筛选出407个差异基因和15个关键基因.GO分析显示,非特异性间质性肺炎与剪切体、翻译过程高度相关;KEGG富集结果显示非特异性间质性肺炎与RNA剪接体通路、内质网蛋白质加工通路联系最为密切.免疫细胞浸润分析显示非特异性间质性肺炎患者组织内静息的CD4+记忆T细胞、嗜酸性粒细胞等浸润水平较高,而CD8+T细胞、浆细胞、活化NK细胞和M1巨噬细胞浸润水平较低.通过关键基因筛选到18味中药,其中雷公藤和茯苓有较大治疗潜力.结论 通过生物信息学方法,筛选非特异性间质性肺炎的关键基因,明确了潜在治疗中药,为非特异性间质性肺炎发病机制、治疗新靶点研究及新药研发提供新的方向.

关键词：非特异性间质性肺炎、生物信息学、关键基因、免疫浸润、雷公藤、茯苓

所属期刊栏目：54

分类号：R285(中药学)

资助基金：大学生创新创业训练项目S202210660105

在线出版日期：2023-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：4934-4947