鱼腥草bZIP基因的鉴定与分析

摘要：

目的 筛选使鱼腥草Houttuynia cordata具有不同环境适应性的候选Bzip基因,为后续繁育出具有更强环境适应性的鱼腥草品种奠定基础.方法 以鱼腥草转录组数据为基础,鉴定了HcbZIP基因家族成员,并对其理化性质、系统进化树、motif基序及在2个不同生态型鱼腥草中的表达进行分析.结果 共鉴定得到163个HcbZIP基因,编码蛋白质的氨基酸数量在115(HcbZIP48和HcbZIP149)～703 aa(HcbZIP97),超过53％的家族成员为碱性蛋白,超过84％的家族成员为不稳定蛋白,所有家族成员均为亲水性蛋白.二级结构中,161个家族成员是由a-螺旋、延伸链、β-折叠和无规则卷曲4部分构成,β-折叠所占比例最低,a-螺旋和无规则卷曲所占比例较高.系统进化树分析将163个家族成员分成了 9个类别,包括C、S、G、A、I、U、H、F和D,其中被归到D类别中的HcbZIP基因数量最多共有35个,数量最少的为C类别仅有4个,没有HcbZIP基因被归类到E和B类别中.Motif基序分析发现,motifl(RLLQNRESARRSRLRKKAYVQELESSVAK)高度保守在每个家族成员中均鉴定到且构成了Bzip基因的保守结构域.不同类别下的基因其motif基序构成较为接近,且部分motif基序只存在特定类别的基因中.表达分析发现,在鱼腥草7号药材中表达的HcbZIP基因数量多于鱼腥草6号药材,同时也发现单独在7号药材中表达的HcbZIP基因数量也多于鱼腥草6号药材.共发现6个HcbZIP基因,HcbZIP156、HcbZIP153、HcbZIP147.HcbZIP149、HcbZIP48和HcbZIP127在6号和7号药材中均呈现出较高的表达量.通过比较6号和7号的差异Bzip基因发现,共有96个差异表达HcbZIP基因,并将其分成了 2大类,共63个差异基因在7号药材中表达量较高,33个差异基因在6号药材中表达量较高.结论 共筛选出4个基因HcbZIP154、HcbZIP150、HcbZIP26和HcbZIP18作为鱼腥草6号和7号2种材料能够形成适应不同生态条件的候选HcbZIP基因.

关键词：鱼腥草、生物信息学、差异表达基因、不同生态型、基因家族

所属期刊栏目：54

分类号：R286.12(中药学)

资助基金：四川省科技计划项目;四川省科技计划项目

在线出版日期：2023-08-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：4295-4305