基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测

摘要：

目的 采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考.方法 以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小.采用二代测序技术进行苦豆子基因组调查测序,使用K-mer分析估测苦豆子基因组大小与杂合率.结果 采用流式细胞术测得苦豆子基因组大小约为1 749 Mb.K-mer分析结果表明,苦豆子基因组大小约为1 648Mb,基因组杂合率为1.12％,杂合率较高.结论 苦豆子基因组大小约为1.7 Gb,杂合率较高,后续研究可采用三代PacBio进行80～100 X深度的测序开展全基因组测序研究.

关键词：苦豆子、流式细胞术、K-mer分析、基因组大小、杂合率

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分类号：R282.12(中药学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目;国家自然科学基金资助项目;中央民族大学学术团队建设项目;国家大学生创新训练计划

在线出版日期：2020-04-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：6098-6102