基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析

摘要：

目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征.方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析.结果 转录组测序分析共获得63 322 086条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得52 575个unigenes,平均长度909 nt.BLAST分析显示分别有28 842 (54.86％)、10 712 (20.37％)、9245 (17.58％)、11 559 (21.99％)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类45分支,涉及126个KEGG标准代谢通路,其中包括17个次生代谢标准通路.蛋白编码框序列2 215个,包含高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4 609个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有2 106个,出现频率为45.7％,五碱基重复SSRs相对较少,占2.9％.结论 利用高通量测序技术和生物信息分析获得黄三七根茎转录组信息特征,为后期黄三七功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础.

关键词：黄三七、转录组、功能基因、代谢通路、简单重复序列

所属期刊栏目：49

分类号：R282.12(中药学)

资助基金：陕西省自然科学基金项目2017JM8030;陕西省教育厅专项18JK0216;陕西中医药大学新进博士科研启动经费104080001;陕西省高校首批青年杰出人才支持计划项目;中国医学科学院医学与健康科技创新重大协同创新项目2017-I2M-1-013;咸阳市中青年科技领军人才项目;国家留学基金委浙江省药学重中之重开放课题YKFJ3-012

在线出版日期：2019-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：4983-4990