白鲜根转录组高通量测序与数据分析

摘要：

目的 获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征.方法 以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeqTM 2000150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析.结果 转录组测序共获得69 643 286条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得49 050条unigenes,平均长度841 nt.BLAST分析显示分别有31 636 (64.49％)、22 367 (45.60％)、19 246(39.23％)、12 595 (25.68％)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支,涉及132个KEGG标准代谢通路,其中包括18个次生代谢标准通路.进一步分析获得90个基因参与多种生物碱生物合成通路.蛋白编码框序列1 908个,高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4 579个SSRs,三碱基重复最丰富,有2 021个,出现频率为44.1％;五碱基重复SSRs仅占3.5％.结论 利用高通量测序技术获得白鲜根转录组信息特征,为后期白鲜基因功能鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础.

关键词：白鲜、转录组、功能基因、代谢通路、简单重复序列

所属期刊栏目：49

分类号：R282.12(中药学)

资助基金：陕西省教育厅专项18JK0216;陕西中医药大学新进博士科研启动经费104080001;陕西省教育厅科学研究项目17JK0215;陕西省高校青年杰出人才支持计划项目;陕西省科技厅社发攻关项目2013K14-03-08;咸阳市中青年科技领军人才项目

在线出版日期：2019-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：4975-4982