基于RNA-seq的银线草转录组分析

摘要：

目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征.方法 用高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2000150PE进行银线草根茎转录组测序分析.结果 转录组测序共获得68 458 750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56 096个unigenes,平均长度801 nt.BLAST分析显示分别有25 773 (45.94％)、17 801 (31.73％)、16 082 (28.67％)、9 649 (17.20％)个unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类40分支,涉及131个KEGG标准代谢通路,其中包括16个次生代谢标准通路.进一步分析获得170个基因参与单萜、二萜、倍半萜、三萜等萜类化合物生物合成通路.同时,转录组预测编码蛋白框序列1 887个;高等植物转录因子54个家族.借助MISA软件发现8 987个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最丰富,有5 948个,出现频率为66.2％,五碱基重复SSRs相对较少,占1.3％.结论 基于RNA-seq分析获得银线草根茎转录组信息特征及萜类合成代谢通路关键基因,为后期银线草活性成分次生代谢途径解析及调控研究奠定基础.

关键词：银线草、转录组、功能基因、代谢通路、简单重复序列、RNA-seq

所属期刊栏目：49

分类号：R282.12(中药学)

资助基金：陕西省教育厅专项18JK0216;陕西中医药大学新进博士科研启动经费104080001;陕西省高校首批青年杰出人才支持计划项目;咸阳市中青年科技领军人才项目;陕西省科技厅项目2016KTTSSF01-01-01;国家中医药管理局项目ZYBZH-C-QIN-45

在线出版日期：2019-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：4967-4974