分子动力学模拟法研究糖类衍生物与钠-葡萄糖协同转运蛋白2的相互作用

摘要：

目的 利用分子动力学模拟方法研究糖类衍生物与钠-葡萄糖协同转运蛋白2 (SGLT2)相互作用过程,探索SGLT2抑制剂的微观作用机制和构效关系.方法 同源模建SGLT2的结构,利用GROMACS程序包进行SGLT2、SGLT2和葡萄糖复合物、SGLT2与糖类衍生物的复合物等8个结构的模拟计算,通过轨迹分析配体与SGLT2之间及分解结构的相互作用能,考察关键残基和配体的均方根涨落(RMSF).结果 分子动力学模拟得到的配体与受体的相互作用能比对接得分有更高的实验结果相关性和筛选能力.SGLT2参与相互作用的关键残基为H80、K154、D158、Y290,较重要的残基可能为N75和F453,辅助性残基可能为W291、Q295和S393.配体之间具有比较一致的构象,片段A和C对受体结合具有更重要的作用.A片段构象固定,C片段的体积、刚性和极性增加可以增加结合强度.结论 分子动力学模拟结果能够较好地表现配体与SGLT2之间的相互作用,对于设计SGLT2抑制剂类新药具有较明确的指导作用.

关键词：糖类衍生物、钠-葡萄糖协同转运蛋白2、相互作用能、分子动力学模型、钠-葡萄糖协同转运蛋白2抑制剂

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分类号：R965.1;R977.15(药理学)

资助基金：国家重大新药创制专项2011ZX09401-009,2010ZX09401-307-1-1;天津科技支撑项目10ZCKFSH01300

在线出版日期：2013-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1440-1447