刺五加功能基因密码子偏好性的分析

摘要：

目的 分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素.方法 以刺五加的17条功能基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析.结果 刺五加功能基因密码子3个位置的GC量依次为51.03％、41.23％和40.04％,三者均与整个编码区的GC量显著相关(P＜0.05),GC12与GC3的相关系数为0.262,未达到显著水平.同义密码子的相对使用频率大于1的密码子共27个,其中22个以A或T碱基结尾.对应性分析的结果表明,第1轴显示了22.78％的差异,与GC3、密码子适应指数和密码子偏好指数均极显著相关(P＜0.01),相关系数分别为0.786、0.686和0.617,与有效密码子数的相关性未达显著水平.第2轴显示了19.28％的差异,且仅与有效密码子数极显著相关(r=0.635).确定了刺五加功能基因的17个最优密码子.结论 刺五加的功能基因偏好使用以A或T碱基结尾的密码子,其使用模式受选择和突变的共同影响.

关键词：刺五加、密码子用法、功能基因、最优密码子、GC量、偏好指数

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分类号：R282.12(中药学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30701086;河北省自然科学基金项目C2009001252;河北省自然科学基金-石药集团医药联合研究基金项目H2012401006

在线出版日期：2013-05-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：598-603