千金子叶绿体基因组的结构及特征分析

摘要：

千金子是稻田一年生禾本科恶性杂草,已成为威胁水稻生产的优势种群.采用Illumina HiSeq测序及生物信息分析方法对千金子叶绿体全基因组序列进行测定、组装、注释和解析.结果表明,千金子叶绿体基因组全长为135 656 bp,GC含量为38.26％,呈现典型的禾本科植物叶绿体基因组的4段闭合环状结构;其中,大单拷贝区80 843 bp,小单拷贝区12 768 bp,反向重复区42 045 bp;通过功能富集,共获得注释基因131个,包括84个蛋白编码基因、39个tRNA基因和8个rRNA基因;另外,还检测到49条简单重复序列(SSR)和46条长度大于20 bp的重复序列.利用IQTREE软件,基于叶绿体基因组以粳稻为外群构建了 25种禾本科杂草的系统进化树,显示出千金子与真穗草属、虎尾草属和狗牙根属杂草具有相对较近的亲缘关系,而3种稗属杂草则与水稻的亲缘关系更近.本研究结果可为千金子的精准识别和分子进化解析提供理论借鉴.

关键词：千金子、叶绿体基因组、结构特征、功能基因注释、SSR、系统发育进化树

所属期刊栏目：40

分类号：S451(有害植物及其清除)

资助基金：江苏省重点研发计划;江苏省双创博士;南京市留学人员科技创新计划

在线出版日期：2022-11-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：6-14