利用SNP标记分析淳安花猪群体遗传多样性和群体结构

摘要：

利用Illumina CAUPorcine 50K SNP芯片检测54头淳安花猪的单核苷酸多态性(SNP),分析群体遗传多样性和群体结构.结果显示,共检测到44739个SNP位点,个体的平均基因型检出率为98.49％;通过质控的SNP位点有32713个,其中54.3％具有多态性;平均有效等位基因数为1.355,平均多态信息含量为0.193,最小等位基因频率平均为0.143;平均观察杂合度为0.254,平均期望杂合度为0.257;平均IBS(状态同源)遗传距离为0.2129,其中公猪为0.2339;ROH(基因组长度纯合片段)共有2646个,65％的长度在400～700 Mb之间,平均近交系数为0.199;54头淳安花猪可划分为6个家系,各家系的个体数量差异明显.综上所述,淳安花猪保种群体的杂合度低,近交程度高,家系少,各家系的个体数量差异大,容易引起遗传多样性的丢失.在后续保种过程中,应根据划分的家系进行选种选配或引入血统,以确保淳安花猪遗传资源的长期保护.

关键词：SNP芯片;淳安花猪;遗传多样性;群体结构;家系

分类号：S828.8(家畜)

资助基金：浙江省公益技术研究资助项目;浙江省重点研发计划项目;浙江省农业重大技术协同推广计划

在线出版日期：2021-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：59-64