生物信息学方法筛选与宫颈鳞癌预后相关的关键基因

摘要：

目的:运用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与宫颈鳞癌(squamous carcinoma of the cervix,SCC)预后相关的关键基因.方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome at?las,TCGA)和基因综合表达(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载SCC转录组及临床数据.R语言分别筛选TCGA、GEO数据库中SCC相关的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)和枢纽基因模块.DEGs与枢纽基因模块取交集找到差异共表达基因并进行通路富集分析.STRING数据库对共表达基因行蛋白互作分析并筛选与SCC相关的核心Hub基因行预后分析.免疫组织化学对预后相关Hub基因蛋白表达进行验证.结果:WGCNA示与SCC相关性较高的基因模块分别是TCGA的绿黄色模块(r=0.24,P<0.01)和GSE52903数据集中的青绿色模块(r=0.86,P<0.01).分别从TCGA、GSE52903数据集中得到3066和934个DEGs.模块基因与DEGs取交集得到80个差异共表达基因.功能富集发现差异共表达基因主要与细胞核分裂、细胞器分裂、染色体分离相关.通路富集示主要与细胞周期、DNA复制、同源重组信号通路相关.蛋白互作网络筛选出与SCC最相关的20个Hub基因.预后分析发现SMC2基因低表达与患者的总体生存期和无病生存期缩短相关,差异有统计学意义(P<0.05).免疫组织化学验证显示,SMC2基因在SCC组织中的蛋白表达低于NC组织.结论:通过生物信息分析发现了20个与SCC密切相关的Hub基因,其中SMC2在SCC组织中表达下调且与预后不良相关.SMC2可能作为SCC发病的风险基因和潜在治疗靶点.

关键词：宫颈鳞癌、生物信息学、加权基因共表达网络分析、SMC2

所属期刊栏目：41

分类号：S827.3;R735.7;S543

在线出版日期：2023-01-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：584-590