药用植物鸦胆子的基因组调研及SSR分子标记开发

摘要：

目的:基于基因组调研分析,开发药用植物鸦胆子基因组遗传资源.方法:本研究采用Illumina高通量测序技术,借助K-mer分析工具揭示鸦胆子基因组大小、杂合度和GC含量等分子遗传学特征,利用MISA方法开发SSR分子标记.结果:提取鸦胆子叶片基因组DNA,构建350 bp文库,利用Illumina测序平台获取56.78 Gb高质量的数据,分析结果显示,鸦胆子的基因组大小为1.14 Gb,基因组杂合度为0.15％,基因组的GC含量为32.90％,重复序列比例为71.58％.在350 bp文库中随机选取10000条单端reads,与NT库进行BLAST比对,发现在已公布序列信息的物种之中,鸦胆子与同科异属植物塞子木(Leitneria floridana)的reads数匹配率最高,达40.52％.此外,根据已测基因序列,预测和开发SSR分子标记,总计530867,其中,单、双、三核苷酸重复模体分别占比57.83％、31.59％、9.20％.结论:鸦胆子基因组特征是重复序列比例高,序列比对分析结果提示鸦胆子与美洲原产植物塞子木的亲缘度高.基因组调研及SSR分子标记开发为开展鸦胆子资源保护、分子遗传和品种选育等工作提供了必要基础.

关键词：高通量测序、鸦胆子、基因组调研、遗传信息

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资助基金：国家自然科学基金;湖北省卫生健康委员会项目;湖北医药学院高层次人才启动金;药用资源与天然药物化学教育部重点实验室开放基金;湖北省重点实验室建设基金

在线出版日期：2020-11-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：427-431