哮喘患者上气道基因表达谱芯片的生物信息学分析

摘要：

目的:应用生物信息学方法对哮喘患者上气道基因表达谱芯片进行分析,进一步探讨其可能的发病机制.方珐:从GEO(Gene expressionomnibus)数据库下载哮喘表达谱的芯片数据(GSE41861),利用R语言Limma软件包筛选哮喘患者与非哮喘患者鼻黏膜的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对差异基因作基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)分析,并用Cytoscape软件及其插件NetworkAnalyzer进行可视化,寻找关键(Hub)基因.结果:共筛选出118个差异基因,其中包括93个上调基因和25个下调基因.对差异基因进行生物信息学分析,上调DEGs主要参与唾液分泌相关通路和结核相关通路,下调DEGs主要参与TGF-β相关信号通路.蛋白网络分析筛选出CDC5L、AR和ACTR2 3个degree得分＞10的关键基因.结论:CDC5L、AR、ACTR2可能在哮喘的发生发展中起着重要作用,为研究哮喘的发病机制提供了新的策略.

关键词：哮喘、分子机制、差异表达基因、生物信息学

所属期刊栏目：39

资助基金：国家自然科学基金面上项目;湖北医药学院人才启动基金;湖北医药学院创新团队

在线出版日期：2020-07-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：118-123,138