3种木薯全基因组的密码子偏好性模式与变异来源比较

摘要：

密码子偏好性研究有利于了解基因表达特征、探索遗传进化规律及为分子育种提供依据.综合运用Perl语言和CodonW 1.4.2、SPSS 23.0等软件,系统分析3种木薯基因组的编码基因序列,从而得出密码子使用特征并明确影响密码子使用的变异来源.结果显示,3种木薯基因组的密码子在使用模式上具有较高的相似性:总碱基组成在3种木薯中差异较小,都是A/T含量较高,而G/C含量较低,且均偏好使用A/T结尾;通过RSCU(同义密码子相对使用度)值比较分析发现,3种木薯有27个共同的偏好密码子,其中以A/T结尾的密码子达85％以上;RFSC(同义密码子相对使用频率)值显示出3种木薯具有14个相同的高频密码子;其基因的异源表达受体优先选择拟南芥、烟草和毛果杨;密码子偏好性主要受自然选择影响,同时也受到突变压力等其他因素的影响.本研究表明3种木薯基因组的密码子使用模式高度相似且主要受自然选择影响,结果可为将来研究木薯的进化规律和提高外源基因表达效率提供重要依据.

关键词：木薯;全基因组序列;密码子偏好性;进化规律;异源表达

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资助基金：国家自然科学基金项目;安徽省自然科学基金项目;安徽省高校优秀青年人才支持计划项目;安徽省高等学校省级质量工程项目;江苏省高校优势学科建设工程项目PAPD资助

在线出版日期：2021-10-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1013-1021