基于苋菜转录组的ARF基因家族鉴定及表达

摘要：

ARFs(auxin response factors)是重要的生长素响应因子,在植物的生长发育过程中起着关键的作用.基于'大红'苋菜转录组数据,通过在线分析软件SMART和NCBI-Blastp的注释筛选苋菜ARF基因家族成员(AtrARF);利用生物信息学分析软件,对AtrARFs蛋白的理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守氨基酸序列进行预测分析;构建系统进化树,预测可能调控AtrARF的miRNAs.分析AtrARF在蓝光和黑暗处理下苋菜胚轴中,及在不同种类及浓度的生长素处理下苋菜幼苗中的表达水平.分析结果表明,在苋菜中共鉴定得到29个ARF基因,其编码蛋白的长度在80-1 107 aa之间,蛋白分子量约为8.850×103-123.300×103,等电点在4.09-9.92之间.亚细胞定位预测结果均定位于细胞核,有15个保守氨基酸序列;系统进化树显示,29个AtrARF分为3个大组;MiRNA预测结果显示,至少有5个AtrARF家族成员受到miRNA调控.定量结果显示,AtrARFs在蓝光和黑暗、不同种类及浓度的生长素处理下表达模式均不相同.本研究表明AtrARFs受光质和生长素调控,在苋菜生长发育过程中发挥重要作用.

关键词：苋菜、生长素反应因子、基因家族、表达分析、生物信息学分析

所属期刊栏目：27

分类号：R285.5;S565.1;Q949.212.06

资助基金：福建省自然科学基金;福建农林大学科技创新专项基金项目;福建农林大学科技创新专项基金项目;福建农林大学科技创新专项基金项目

在线出版日期：2021-05-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：167-176