采用RNA-seq比较甘蓝型油菜矮化突变体与其高秆亲本的可变剪切

摘要：

为了研究甘蓝型油菜的矮化机制以及植物激素与矮化的关系,用Illumina Hiseq 4000平台对苗期甘蓝型油菜矮化突变体NDF-1及其高秆亲本3529的根进行RNA-seq测序.测序数据以甘蓝型油菜基因组作为参考基因组进行比对,用TopHat软件鉴定可变剪切,其中以3S和5S类型的可变剪切为主.对鉴定出的可变剪切基因做差异基因(DEGs)表达分析,共有913个DEGs,其中矮化突变体NDF-1相对于野生型3529上调的基因数有457个,显著下调的基因有456个GO富集表明,发生可变剪切的差异基因主要功能是参与代谢过程和生物合成、细胞组分以及酶活性等过程.通过对代谢通路的富集,选取植物激素信号转导通路进行分析.该通路中的BnaCnng57860D基因中存在两个仅发生在野生高秆3529油菜中的稳定性可变剪切,而基因BnaA 05g32040D和BnaA03g50910D中发生的稳定性可变剪切仅在矮化突变体ND F-1中发现.本研究筛选出可能与油菜矮化相关的可变剪切,可为油菜矮化新品种培育研究奠定基础.

关键词：甘蓝型油菜、矮化突变体、RNA-seq、可变剪切、苗期根

所属期刊栏目：24

分类号：Q341;S565.403(遗传学分支学科)

资助基金：国家重点研发计划项目2016YFD010020002;国家科技支撑计划项目2013BAD01B03;“十三五”四川省作物育种攻关项目16ZC2860资助 Supported by the National Key Research and Developmen Plan of China2016YFD010020002;the National Key Science and Technology Pillar Program of China2013BAD01B03;the ”13th Five-year Plan” Crop Breeding Key Project of Sichuan,China16ZC2860

在线出版日期：2018-05-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：81-88