基于山桐子转录组序列的SSR分子标记开发
为研究山桐子遗传多样性,对山桐子转录组数据进行分析,开发SSR分子标记技术.将山桐子高通量转录组测序获得的84 213条Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析,并结合引物验证,初步证明其可行性.通过软件分析,共获得含SSR位点的序列数23 077,出现频率为27.40％,涉及序列数量为29 953条,发生频率为35％.SSR序列中包括1 620种重复基元类型,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为9 782 (32.67％)、6 921 (23.11％)和5 420 (18.10％).单核苷酸中A/T类型比例最高,为9 630 (32.15％),二核苷酸和三核苷酸中以类型AG/CT(4 679;15.62％)和AAG/CCT(1 220;1.53％)为主.SSR位点重复次数差别较大,主要是3次(4 748;15.70％),其次为6次(3 707;12.25％)和5次(3 475;11.60％).运用多态性分析的方式初步验证SSR位点在不同地区山桐子标记中的可行性.同时,利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,31对引物可以扩增出条带,19对引物扩增出预期大小的条带,8对引物能特异性区分宜宾、资阳、宁强、成都4个不同地区的山桐子.本研究通过分析山桐子高通量转录组序列的SSR信息,筛选出8对引物验证不同地区山桐子的遗传多样性,将有助于山桐子基因挖掘、分子标记育种和资源保护等后续工作的开展.
山桐子、转录组、SSR、分子标记、遗传多样性
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Q949.759.303(植物学)
四川省科技计划项目2016NZYF0102 Supported by the Science and Technology Project of Sichuan,China 2016NZYF0102
2017-12-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
952-958
