基于全基因组预测莱茵衣藻的新miRNA及其靶基因

摘要：

莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)是一种重要的模式生物,其miRNA的发现相对较晚.为系统化地预测分析莱茵衣藻的miRNA,采用比较基因组和同源比对相结合的方法,根据miRbase中已知的莱茵衣藻miRNA序列以及前体的特点,并且基于莱茵衣藻的全基因组对其miRNA的前体序列和成熟miRNA进行系统的分析和筛选,使用unigene和JGI的莱茵衣藻相关序列数据库对预测结果进行靶基因预测和功能的分析.最终发现可能存在的miRNA 36条,其前体结构符合miRNA前体的基本特征且具有高度的同源性,两个数据库所得相匹配靶基因分别为64和32条,其中部分是与莱茵衣藻各项生命活动相关的基因.本研究表明莱茵衣藻的基因组中具有可能存在的新miRNA家族,并且部分有高度匹配的靶基因,为其后续研究提供了可靠的理论支持.

关键词：莱茵衣藻、miRNA、全基因组、比较基因组学、同源比对、靶基因、生物信息学

所属期刊栏目：21

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金项目31272659,31171447,30971817、国家“十二五”科技支撑计划项目2014BAD02B02,2013BAD10B01和国家科技基础条件平台项目NIMR-2014-8资助;Supported by the National Natural Science Foundation of China 31272659,31171447,30971817,the Sci-tech Pillar Project of the Twelfth Five-year Plan of China 2014BAD02B02,2013BAD10B01,and the National Sci-tech Infrastructure and Facility Development Program of China NIMR-2014-8

在线出版日期：2015-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：68-74